Nuevo problema a la vista con la llegada de la Copa del Rey. Escenario uno: pasar de ronda significaría un aumento de la moral para los jugadores y un soplo de aire para Míchel, pero supondría una carga de partidos que sin duda afectaría al gran objetivo de la temporada que es la permanencia. Escenario dos: caer eliminados de la Copa y poder centrarse en la Liga (con lo que viene: Barcelona, Villarreal y Valencia), sin embargo significaría que la victoria no llega y el agujero en el que se encuentra Míchel y el equipo cada vez es más profundo. Panorama difícil para afrontar una competición que no se les da del todo bien a los franjirrojos.
Desde 1958 en adelante, la mejor participación del Rayo en la Copa fueron unas semifinales en la temporada 1981-1982, cuando cayeron contra el Sporting de Gijón. Una eliminatoria en la que el conjunto asturiano fue claramente superior, ganando 0-1 en Vallecas y 3-0 en El Molinón. En la final, los verdugos del club vallecano no pudieron contra el Real Madrid de los Del Bosque, Juanito, Santillana y compañía.
Los cuartos de final se han alcanzado en cuatro ocasiones:
- Temporada 94-95: derrota contra el Sporting de Gijón de nuevo.
- Temporada 96-97: cayendo contra el Betis de Alfonso, Finidi y Jarni. Un equipo que perdió la final contra el Barcelona y que aquel año acabó cuarto en la Liga.
- Temporada 99-00: eliminados por el Atlético de Madrid, que llegaría ese año a la final donde cayeron con el Espanyol. Lamentablemente para los colchoneros, el recuerdo de esta plantilla no es el mejor, ya que los mismos jugadores fueron protagonistas del descenso a segunda ese año con Molina, Hasselbaink y Kiko, entre otros.
- Temporada 2001-2002: derrota contra el Real Madrid de los ‘Zidanes y Pavones’, a los que les tocó cruz en la final de la Copa frente al Depor pero la cara con la novena Copa de Europa.
A pesar de ello, desde 1958 el balance es positivo en esta competición: 58 ganados, 41 empatados y 51 perdidos.
Todos estos datos han sido recogidos de la web BDFútbol.